Anteriormente denominado Patronato Nossa Senhora das Dores, teve a sua origem enquanto entidade religiosa em 1918, a partir da ação do então Pároco de Santa Maria Maior, Padre Laurindo Leal Pestana, membros da comunidade paroquial e a Congregação das Irmãs Franciscanas de Nossa Senhora das Vitórias.
Em 2010, a instituição altera os seus estatutos, passando a Fundação Patronato de São Filipe, Instituição Particular de Solidariedade Social, com âmbito de ação em toda a Região Autónoma da Madeira.
O Instituto de Segurança Social da Madeira, IP-RAM tem vindo a apoiar esta Instituição que acolhe crianças e jovens, desenvolvendo projetos de promoção da sua autonomia, desde a aquisição de conhecimentos práticos quotidianos ao desenvolvimento de competências ao nível da resolução de problemas e a tomada de decisões, otimização do sucesso escolar, incremento do interesse pelo conhecimento, promoção de valores morais e a vivência de valores espirituais, bem como atividades lúdico-pedagógicas.
Augusta Aguiar destacou “o papel meritório que a Fundação Patronato São Filipe tem vindo a desenvolver, desde a sua criação, na proteção das nossas crianças e jovens, dando-lhes as melhores condições para o seu desenvolvimento e capacitação individual e comunitária. ”