Os princípios e normas que regulam a organização da administração direta e indireta da Região Autónoma da Madeira encontram-se plasmados no Decreto Legislativo Regional n.º 17/2007/M, de 12 de novembro, diploma alterado pelos Decretos Legislativos Regionais n.os 24/2012/M, 2/2013/M e 42-A/2016/M, de 30 de agosto, de 2 de janeiro e de 30 de dezembro, respetivamente.
A administração direta compreende os serviços centrais e periféricos que devam estar sujeitos ao poder de direção do respetivo membro do Governo Regional, bem como os serviços de cujas atribuições decorra o exercício de poderes de autoridade e representação política da Região ou o estudo e conceção, coordenação, apoio e controlo ou fiscalização de outros serviços administrativos. Já a administração indireta é integrada pelos institutos públicos, como decorre dos n.os 1 e 3 do artigo 2.º do citado Decreto Legislativo Regional n.º 17/2007/M.
Os princípios da unidade e eficácia da ação, da aproximação dos serviços às populações, da desburocratização, da racionalização de meios, da eficiência na afetação de recursos públicos, da melhoria quantitativa e qualitativa do serviço prestado e da garantia da participação dos cidadãos são os princípios que orientam a organização, estrutura e funcionamento da administração pública regional autónoma.
O Governo Regional estrutura-se por departamentos do Governo Regional, sendo o XII Governo Regional constituído pela Presidência do Governo Regional, pela Vice-Presidência e por Secretarias Regionais.
O diploma que aprova a orgânica de cada um dos departamentos governamentais além de definir as respetivas atribuições, identifica ainda os serviços que, no respetivo âmbito de atuação, integram a administração direta e a administração indireta.
Tendencialmente as funções comuns dos departamentos governamentais, como a elaboração e acompanhamento da execução do orçamento de funcionamento, o planeamento do investimento público e a gestão de recursos humanos, devem ser asseguradas, de modo centralizado, por unidades orgânicas na dependência do membro do Governo Regional ou da Secretaria-Geral no caso da Presidência.
Os modelos de funcionamento da administração pública regional preveem a partilha de atividades comuns, particularmente atividades de natureza administrativa e logística, o funcionamento em rede, e um sistema de informação interna, como decorre dos artigos 8.º a 10.º.
Os serviços da administração direta são agrupados em três grupos, sendo qualificados, pela sua função dominante, como serviços executivos, serviços de controlo, auditoria e fiscalização e serviços de coordenação.
Estes serviços podem ainda ser centrais ou periféricos, consoante a respetiva competência se estenda a todo o território da Região Autónoma ou esta esteja circunscrita a uma área territorial restrita.
Os serviços executivos garantem a prossecução das políticas públicas da responsabilidade de cada departamento governamental e designam-se por direções regionais.
Os serviços de controlo, auditoria e fiscalização exercem funções permanentes de acompanhamento e de avaliação da execução das políticas públicas e quando a função dominante seja a inspetiva designam-se por inspeções regionais.
Os serviços de coordenação harmonizam a formulação e execução de políticas públicas, asseguram a utilização racional, conjugada e eficiente de recursos e emitem os pareceres que lhe sejam solicitados, com vista à promoção da articulação em domínios onde esta necessidade seja permanente, podendo ser intra ou interdepartamentais.
Relativamente à organização interna dos serviços executivos e de controlo e fiscalização, esta deve obedecer a um dos seguintes modelos: estrutura hierarquizada ou estrutura matricial, podendo ainda ser adotado um modelo estrutural misto, como consta do artigo 20.º e seguintes do mencionado Decreto Legislativo Regional n.º 17/2007/M.
A estrutura interna hierarquizada é constituída por unidades orgânicas nucleares e flexíveis, sendo que a estrutura nuclear é composta pelas direções de serviços e a flexível pelas divisões. A definição das atribuições e competências das unidades orgânicas que integram a estrutura nuclear, que corresponde a uma departamentalização fixa, são aprovadas por portaria conjunta do membro do Governo Regional competente e dos membros do Governo Regional que tutelam as finanças e a Administração Pública, já as unidades orgânicas flexíveis são criadas por despacho do membro do Governo Regional competente. Podem ainda ser criadas, por despacho do dirigente máximo do serviço, secções ou áreas de coordenação quando estejam em causa funções de caráter predominantemente administrativo.
A estrutura interna matricial é adotada sempre que as áreas operativas do serviço possam desenvolver-se essencialmente por projetos, devendo agrupar-se por centros de competências ou de produto, por forma a assegurar a constituição de equipas multidisciplinares com base na mobilidade funcional.
Os serviços da administração direta dispõem de regulamento interno que regula a organização e disciplina do trabalho e descreve os postos de trabalho, podendo ainda versar sobre outras matérias legalmente admissíveis, o qual deve ser aprovado pelo dirigente máximo do serviço, sem prejuízo do respetivo membro do Governo poder avocar esta competência, como decorre do disposto no artigo 23.º-A do referido Decreto Legislativo Regional n.º 17/2007/M.
A criação ou eventuais modificações dos serviços da administração direta são aprovadas por decreto regulamentar regional, o qual deve conter a designação do serviço, a missão, a identificação das respetivas atribuições e do tipo de organização interna, a dotação de lugares de direção superior e de direção intermédia do grau 1 e o estatuto remuneratório dos chefes de equipa disciplinar, caso existam, sendo a sua aprovação precedida de pareceres prévios dos membros do Governo que tiverem a seu cargo as áreas das finanças e da Administração Pública.