Em 26 de setembro de 1988 nascia o Centro Regional de Formação Profissional de Deficientes (CRFPD) vocacionado para assegurar a formação técnico profissional e o acompanhamento na inserção na vida ativa das pessoas com deficiência. Este serviço atendia jovens e adultos com deficiência com idade igual ou superior a 16 anos. Até 1993 os cursos foram ministrados nas instalações do Caminho de Santo António, 289-A-FunchaL - Quinta do Leme, nas áreas de: Carpintaria; Agropecuária/Jardinagem; Confeções (malhas; corte e costura); Serigrafia; Encadernação; Reparação de Calçado; Artesanato/Vimes. Os formandos eram oriundos de todos os concelhos da Região Autónoma da Madeira. A partir desta data encetaram-se parcerias com empresas privadas e instituições públicas nas quais os jovens formandos puderam desenvolver a formação em contexto de trabalho. Paralelamente no centro de formação propiciou-se a componente de treino social e desenvolvimento cultural.
Com o passar dos anos e com o acompanhamento da evolução da sociedade e das necessidades do mercado de trabalho, operaram-se alterações, nomeadamente na oferta formativa, tendo-se extinguido cursos e implementado outros. Por força da alteração da lei orgânica da Direção Regional de Educação Especial e Reabilitação, em 2005, o Centro de Formação passou a designar-se de Serviço Técnico de Formação e Integração Profissional de Deficientes (STFIPD) e, em 2008, de Serviço Técnico de Integração, Formação Profissional e Emprego Protegido de Deficientes (STIFPEPD), mantendo-se os procedimentos de funcionamento. No ano de 2009, por iniciativa da Direção Regional de Educação Especial e Reabilitação, procedeu-se à descentralização da oferta formativa implementando-se a sua ação em todos os concelhos da Ilha da Madeira. Alteraram-se ainda alguns conteúdos da formação, proporcionando novas áreas, como a formação de base que contemplou a linguagem e comunicação, a matemática para a vida, a cidadania e as tecnologias de informação.
Em 2012, com a integração da DREER na Direção Regional de Educação e, fruto de nova alteração na orgânica, este serviço passou a designar-se de STFP. Nos finais desse mesmo ano começou a esboçar-se uma nova reestruturação da oferta formativa do STFP com a finalidade de a adequar ao projeto que o Instituto de Emprego e Formação Profissional dinamizou em parceria com a Agência Nacional para a Qualificação, I.P. (ANQ I.P.) e as Federações das Entidades de Reabilitação. Este projeto denomina-se “Organização da Formação e Certificação Profissional das Pessoas com Deficiências” e visa “estruturar uma oferta de formação inicial e contínua de dupla certificação, ajustada às necessidades das pessoas com deficiências e incapacidades, permitindo a aquisição e/ou o reforço de competências – profissionais, pessoais, sociais e relacionais - potenciadoras da sua integração no mercado de trabalho” (Guia Organizativo, 2010).
A partir de janeiro de 2016, o STFP desloca-se da Quinta do Leme (ao C.º de Santo António) e passa a funcionar na Rua Dr. Juvenal (antigo Instituto de Surdos / EB1PE Eleutério de Aguiar).
Desde dezembro de 2022, o STFP foi alocado às (ex)instalações da EB1PE do Galeão, beneficiando assim duma concentração dos seus recursos humanos e materiais e de um conjunto de espaços de formação e lazer para toda a equipa, em especial para os formandos, melhorando as condições de trabalho para todos.