Devido às suas características, os mares da Região ostentam uma elevada diversidade de espécies, sendo uma mais-valia ecológica, cultural e socioeconómica que importa conservar.
O Governo Regional sentiu a necessidade de criar uma área classificada que realce a monitorização dos cetáceos, aumentando o conhecimento científico sobre os mesmos e que facilite e torne mais objetiva a conciliação com as principais atividades económico-marítimas, que beneficiarão diretamente com o reconhecimento internacional e da maior visibilidade.
O SIC Cetáceos assegura, de acordo com Susana Prada, uma melhor representatividade dos valores naturais do arquipélago, “contribuindo para trazer maior coerência à Rede Natura 2000 em Portugal, e ajudando a assegurar o objetivo da Convenção sobre a Diversidade Biológica, em que Portugal se compromete a proteger 10% das suas áreas marinhas até 2020. Com este Sítio, o arquipélago passa a contribuir com cerca de 2% das suas áreas marinhas para este objetivo. A área abrange todas as águas marinhas em redor da Ilha da Madeira, Desertas e Porto Santo: . O limite interior está a 1 milha da costa; . O limite exterior segue a batimétrica dos 2500 metros; . Área aproximada 682 mil hectares.
A criação do SIC Cetáceos será uma mais-valia na promoção do destino e trará valor acrescentado ao produto turístico explorado pelas atividades marítimo-turísticas.