Integram a administração direta da Região Autónoma da Madeira, no âmbito da SREI, as seguintes estruturas ou serviços centrais: a) Gabinete do Secretário Regional; b) Direção Regional de Planeamento, Recursos e Gestão de Obras Públicas; c) Direção Regional do Equipamento Social e Conservação; d) Direção Regional de Estradas; e) Direção Regional de Energia; f) Direção Regional dos Transportes e da Mobilidade Terrestre; g) Laboratório Regional de Engenharia Civil.
A SREI exerce a tutela setorial sobre as seguintes entidades: a) EEM — Empresa de Electricidade da Madeira, S. A.; b) Horários do Funchal — Transportes Públicos, S. A.; c) TiiM — Transportes Integrados e Intermodais da Madeira, S. A.; d) IHM — Investimentos Habitacionais da Madeira, EPERAM; e) Sociedade de Desenvolvimento do Norte da Madeira, S. A.; f) Sociedade de Desenvolvimento do Porto Santo, S. A.; g) Sociedade Metropolitana de Desenvolvimento, S. A.; h) Ponta do Oeste — Sociedade de Promoção e Desenvolvimento da Zona Oeste da Madeira, S. A.
A orientação da participação pública na AREAM — Agência Regional da Energia e Ambiente da Região Autónoma da Madeira é da competência da SREI. As competências e definição das orientações na Concessionária de Estradas — VIAEXPRESSO da Madeira, S. A., e na VIALITORAL — Concessões Rodoviárias da Madeira, S. A., empresas participadas integradas no setor empresarial da Região Autónoma da Madeira, são cometidas à SREI.