A Direção Regional da Economia e Transportes foi criada ao abrigo do Decreto Regulamentar Regional n.º 4/2015/M, de 18 de junho, e resulta da extinção, da Direção Regional do Comércio, Indústria e Energia, da Direção Regional de Transportes Terrestres, e do Gabinete de Planeamento Estratégico para os Transportes, sendo as atribuições dos mesmos integrados na nova Direção Regional da Economia e Transportes.
A orgânica da DRET foi aprovada pelo Decreto Regulamentar Regional n.º 18/2015/M, de 26 de outubro, pela Portaria n.º 129/2016, de 6 de abril e pelo Despacho n.º 186/2016, de 6 de maio.