Conclusões:
1.ª No n.º 2 do artigo 178.º da Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas prevê-se a prescrição dos pressupostos de iniciativa do procedimento disciplinar depois de conhecidos os elementos essenciais da infração. Determina-se a prescrição «60 dias depois de conhecida a infração disciplinar por qualquer superior hierárquico se não for instaurado procedimento disciplinar em primeira mão ou convolando inquérito prévio»;
2.ª O n.º 3 e o n.º 4 do artigo 178.º da Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas, cuidam da suspensão do prazo de prescrição da punibilidade disciplinar previsto no n.º 1 do mesmo preceito, prazo este que é «um prazo de prescrição da iniciativa da ação disciplinar cujo termo inicial remonta ao tempo dos atos praticados ou indevidamente deixados por praticar»;
3.ª Para que a suspensão, prevista no n.º 3 do referido artigo 178.º, opere, exige-se que, cumulativamente: a) Os processos de sindicância aos órgãos ou serviços, ou processo de inquérito ou disciplinar tenham sido instaurados nos 30 dias seguintes à suspeita da prática de factos disciplinarmente puníveis; b) O procedimento disciplinar subsequente tenha sido instaurado nos 30 dias seguintes à receção daqueles processos, para decisão, pela entidade competente; c) À data da instauração dos processos e procedimento referidos nas alíneas anteriores, não se encontre já prescrito o direito de instaurar procedimento disciplinar (artigo 178.º, n.º 4);
4.ª Os prazos previstos no n.º 2 e nas alíneas a) e b) do n.º 4 do artigo 178.º, da Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas, são prazos relativos à prescrição da iniciativa do procedimento disciplinar, sendo a prescrição um instituto de direito substantivo, que constitui uma das vias de extinção da responsabilidade disciplinar. Estes prazos regulam aspetos anteriores à prática do ato de instauração do procedimento e não a repercussão do tempo na relação jurídica procedimental, que então ainda não se constituiu;
5.ª Não podem ser considerados prazos procedimentais, uma vez que não regulam (i.) o tempo da prática de um ato dentro do procedimento administrativo disciplinar (ii.) nem a distância temporal entre os diferentes atos e formalidades relativos à formação, manifestação ou execução da vontade dos órgãos da Administração Pública em matéria disciplinar (iii.) nem visam a produção de um determinado efeito jurídico no procedimento disciplinar por força do decurso do tempo. Devem, por isso, ser considerados prazos substantivos;
6.ª Tratando-se de prazos substantivos, a sua natureza apontaria para a aplicação das regras de contagem de prazos previstas no artigo 279.º do Código Civil. Contudo, só seria assim, nos termos do disposto no artigo 296.º do mesmo Código, se não existisse uma disposição especial em contrário;
7.ª O artigo 3.º da Lei n.º 35/2014, de 20 de junho, ao estabelecer que os prazos previstos na Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas - todos os prazos previstos na Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas, incluindo os prazos substantivos - se contam nos termos do Código do Procedimento Administrativo, dispõe especialmente sobre a forma de contagem dos prazos substantivos, previstos na Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas, o que afasta a aplicação subsidiária do artigo 279.º do Código Civil.
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