Embora inicialmente não tenha sido desenhado para funcionar como uma pousada de juventude, o Centro de Juventude do Porto Santo passou por várias fases de construção e reabilitação, desde meados dos anos 90. Começou a funcional com uma ala em 2000 (atual ala masculina), resultando da adaptação de um prédio existente. Em 2002, é finalmente inaugurado com a traça que hoje conhecemos: 2 alas, receção e hall e sala multiusos, além das áreas exteriores ajardinadas e de apoio. Até finais de 2020, estão previstas obras de conservação e manutenção do edifício, com vista a proporcionar mais conforto e qualidade ao serviço prestado.
A ilha do Porto Santo é conhecida pelo seu extenso e finíssimo areal dourado, por onde se distribuem várias praias ao longo de cerca de 9 kms. As areias do Porto Santo têm, efetivamente, propriedades terapêuticas, dadas as propriedades físicas, químicas e térmicas.
Como é perfeitamente compreensível, o Centro de Juventude do Porto Santo está classificado como “pousada praia”.