A organização interna dos serviços da DRAJ obedece ao modelo organizacional hierarquizado, compreendendo unidades orgânicas nucleares e flexíveis e secções ou áreas de coordenação administrativa.
A DRAJ compreende as conservatórias do registo civil, as conservatórias do registo predial, as conservatórias do registo comercial, as conservatórias do registo de automóveis, o cartório notarial de Porto Moniz, a Conservatória do Registo Comercial e Cartório Notarial Privativos da Zona Franca da Madeira e o Cartório Notarial do Centro de Formalidades de Empresas, serviços externos regionais, sedeados na Região Autónoma da Madeira, que dependem diretamente do diretor regional.
A DRAJ compreende ainda o gabinete do cartório notarial privativo do Governo Regional, serviço de apoio direto e interdepartamental, diretamente dependente do diretor regional.