Ao LRSP compete, designadamente: Assegurar o apoio técnico e analítico às atividades desenvolvidas pelas Unidades de Saúde Pública da Região Autónoma da Madeira no contexto da vigilância sanitária e das competências de investigação, bem como no circuito da cooperação com outras entidades e sectores; Abrange dois sectores de atividades: Microbiologia e Química. Microbiologia: Determinação de indicadores de contaminação em águas destinadas ao consumo humano, águas balneares, piscinas, rega, nascentes entre outros através de técnicas de Microbiologia Clássica e de Biologia Molecular;
Química: Determinação de parâmetros com impacto na saúde das populações em águas de consumo humano, piscinas, rega e de nascentes.