Elsa Fernandes é Licenciada em Matemática - Ramo Ensino e com mestrado e doutoramento em
Educação - Didática da Matemática.

Desenvolveu investigação, com foco na compreensão do processo de aprendizagem, para poder potenciá-lo em si e nos seus alunos, bem como na integração de tecnologias e, mais recentemente, sobre tecnologias digitais na formação de professores. Centrou atenção também na literacia digital de alunos e professores, criando cenários de aprendizagem onde os robôs, a realidade aumentada, a modelação e impressão 3D e, mais recentemente a IA, são ferramentas essenciais na aprendizagem das diversas áreas do conhecimento.

Entre 2014 e 2024 foi coordenadora do projeto iTEC – Cenários de aprendizagem com Tecnologias Digitais, programa de formação de professores de diferentes áreas de conhecimento e níveis de ensino – um projeto da UMa em cooperação com a Direção Regional de Educação.

Entre 2016 e 2019, foi membro do Projeto Aprendizagem com tecnologias e design do futuro da formação de professores - Laboratório de aprendizagem aprimorada pela tecnologia na formação futura de professores (Learning with Technologies and Design of the Future of Teacher Education - Technology Enhanced Learning in Future Teacher Education Lab TEL @ FTELab), financiado pela FCT.

Coordenou entre 2006 e 2014 o Projeto CEM – Construindo o Êxito em Matemática – Programa de Formação de Professores de Matemática (do 1º Ciclo ao 3º Ciclo). Programa da UMa em colaboração com a Direção Regional de Educação.

Foi, entre maio de 2017 e maio de 2025, vice-reitora da Universidade da Madeira com os pelouros da internacionalização, investigação, inovação e empreendedorismo.

Entre 2017 e 2025 foi membro do Conselho de Gerência da Startup Madeira, do Conselho de Administração da ARDITI e do Comité de Acompanhamento do Programa Regional Madeira 14-20 e do Programa Regional Madeira 2030.

Integrou o Conselho Regional de Inovação da Madeira que coordena a EREI (Estratégia Regional de Especialização Inteligente).

Foi membro do Conselho Nacional para a Inovação Pedagógica no Ensino Superior – CNIPES.